本发明公开了一种筛选MicroRNAs在褐飞虱对水稻抗性适应性作用的方法，涉及生物工程技术。本方法包括下列步骤：①样品的收集；②小RNA的测序；③测序原始数据的预处理；④序列比对；⑤新miRNA预测；⑥miRNA差异表达分析；⑦差异miRNA靶基因预测；⑧miRNAmimic、miRNAinhibitor及对照链的合成；⑨向褐飞虱显微注射和人工喂养miRNAmimic、miRNAinhibitor,验证miRNAs的功能；⑩显微注射和人工喂养后的褐飞虱对水稻抗性适应性变化的初步研究。本发明研究利用高通量测序技术对两个褐飞虱群体的小RNA进行了深度测序，并通过后续的生物信息学分析鉴定并预测miRNAs,比较在感虫水稻TN1和抗虫水稻YHY15上两个褐飞虱群体间的差异，分析、筛选和发现与寄主抗性适应性相关的miRNA，为水稻抗虫育种提供新的方法。