本发明提供了一种酶改质甜菊糖的制备方法，包括：在溶解有甜菊糖原料和蔗糖的溶液中加入β‑果糖苷酶得到反应液，调节所述反应液的pH为5.0‑8.0，反应温度维持在20‑45℃，搅拌反应后，收集得到酶改质甜菊糖，所述甜菊糖原料包括甜菊苷和莱包迪甙A中的一种或多种，所述β‑果糖苷酶来源于嗜酸微杆菌属或日本曲霉菌属。该制备方法高效简便，成本低，耗时短，转化率高，绿色环保，可以广泛适用于工业化规模生产。本发明还提供了一种酶改质甜菊糖的制备用酶及应用。