本发明公开了一种燕窝提取小分子肽的方法，提取方法步骤如下：a.首先将称取完整的燕窝，接着再用清水浸泡30～50min，再将浸泡后的燕窝进行干燥；b.待步骤a完成后，再将干燥后的燕窝放入到粉碎机中进行粉碎，然后再用100—230目的粉筛进行筛选；c.待步骤b完成后，再将筛选后的粉末经破壁机进行破壁，得精细粉；d.待步骤c完成后，再将精细粉加入到混合器中，接着再向混合器中添加去离子水进行混合，接着再将得到的混合液放入到灭菌箱内进行灭菌。本发明利用木聚糖酶、果胶酶、木瓜蛋白酶复合梯度酶解，再经木瓜蛋白酶对蛋白质进行酶解，提取出的小分子肽提取率较高，极易被人体吸收，而且操作工艺步骤简便、各环节易于控制，降低了加工成本低。