本发明是全自动蛋白芯片免疫分析仪控制系统及方法，其结构包括工控机部分、扫码枪、气动执行部分、数字信号检测部分、显示器、操作器、CCD相机拍照部分和电机执行部分，其中工控机部分包括控制器、第一D/A转换器、第二D/A转换器、数据分析单元、第一接口、图像处理模块和第二接口。本发明的优点：结构简单有效，操作方便，可控制全自动蛋白芯片免疫分析仪自动完成蛋白芯片的两次孵育后进行CCD拍照，完成免疫分析，过程中可实现自动加反应杯、稀释液、血样、芯片和清洗吹干，可进行样本的普通处理也可加急处理，适用性强，效率高。