本发明公开了一种生物制药污水处理系统及方法，依照生物制药污水处理流程，依次设置如下处理池：调节池、水解酸化池、第一曝气池、第二曝气池、沉淀池、MBR池、膜清洗池、污泥池、高浓度废水池。污水处理的工艺流程包括如下步骤：废水转移至调节池，调节池的废水转移至水解酸化池进行酸化分解；废水在水解酸化池反应后依次进入第一曝气池、第二曝气池；再进入沉淀池，通过沉淀分离上清液和污泥，分离后的上清液进入MBR池；上清液在MBR池中经过鼓风曝气、过滤、交换后达到排放标准，达到排放标准的水用于回收或排放。本发明的方法有效处理生物制药排出的废水，降低COD、氨氮、总磷的含量达到排放标准，节省成本，使用时间长。