本发明公开了一种降解黄曲霉素B1的微生物处理剂及其制备方法与应用，该微生物处理剂包括体积比为1:3‑3:1的益生菌复合物和黄曲霉毒素B1降解酶粗酶物。该制备方法包括以下步骤：制备益生菌复合物；制备黄曲霉毒素B1降解酶粗酶物；将益生菌复合物和黄曲霉毒素B1降解酶粗酶物按照体积比为1:3‑3:1进行混合，制备得到降解黄曲霉素B1的微生物处理剂。本发明的微生物处理剂可以显著缓解AFB1对鸡和猪生产性能的不良影响。