本发明公开了脉冲磁场杀菌结合高温菌固态发酵饼粕制备低聚肽的方法，涉及生物工程领域。一种或多种饼粕为原料，进行粉碎预处理，用磁场强度0.5～4.5特斯拉的脉冲磁场杀菌10～40个脉冲数后，调节饼粕含水量至40％～60％(w/w)，上料到固体发酵罐中，再接种高温菌发酵种子液，混匀后在55～65℃温度下固态发酵24～96小时，发酵完成后加水提取低聚肽，提取液经离心去渣、脱色、干燥等步骤得到饼粕低聚肽产品。该方法可以免于对饼粕原料高温灭菌，显著降低固态发酵饼粕制备低聚肽的能耗、节约成本，并显著提高发酵效率、增加产物多肽得率。利用本方法所得到的低聚肽可用于人类保健和营养品、动物日粮等。