本发明涉及一种模块化生态活性饵料的生产系统，包括动物饵料模块、植物饵料模块、人工饵料模块、组合模块和培育模块，动物饵料模块、植物饵料模块和人工饵料模块与组合模块连接。本发明还提供一种模块化生态活性饵料的生产方法，包括以下步骤：养殖箱通过多孔隔板分为上层空间和下层空间，在下层空间的动物饵料模块和植物饵料模块内分别投入动物饵料和植物饵料，在上层空间内投入养殖水产；向养殖箱的下层空间内加入用于分解水产粪便的微生物；通过整体环境促进动物饵料和植物饵料生长；将动物饵料、植物饵料和人工饵料投入组合模块进行混合。该系统生产的饵料进入水循环系统中不仅保持原有形状和营养成分，而且对水产品具有很强的吸引力。