本发明提供了一种新型抗人乳头瘤病毒蛋白的制备方法，包括以下步骤：1）从各大生物学数据库中查找N端突变的PAP基因的已知序列，依据密码子的简并原则，使用毕赤酵母Pichiapastoris高频使用密码子替换PAP基因序列中毕赤酵母的低频使用密码子；依据密码子修改后的基因序列，人工合成基因序列，所述的N端突变PAP基因是去除了N端22个氨基酸序列的PAP基因，其序列如SEQNO.1所示：2）将人工合成的基因序列连接到分泌型表达载体pPICk9上；3）将重组表达载体pPICk9‑PAP电转入毕赤酵母中，使用甲醇诱导重组PAP蛋白的表达。本发明的方法可以利用毕赤酵母的高密度发酵可以在体外大量生产重组型的PAP蛋白，有利于PAP蛋白的大规模生产。