本发明提供了一种基于模糊优先性的DNA编码序列设计方法及装置，涉及DNA计算及生物工程技术领域，包括：获取当前DNA编码序列总集合；对当前DNA编码序列总集合进行多目标模糊优先性计算，进而得到N个DNA编码序列集合在当前进化过程中的模糊优先值；如果当前进化代数等于预设进化代数，则将模糊优先值中最小的模糊优先值所对应的DNA编码序列集合作为目标DNA编码序列集合。该方法能够对当前DNA编码序列总集合进行多目标模糊优先性计算，得到多个模糊优先值，将达到预设进化代数时最小的模糊优先值所对应的DNA编码序列作为目标DNA编码序列集合，缓解了现有的DNA编码序列多目标设计方法不能直接得出最优解，并且得到的最优解准确性差的技术问题。