本发明属于生物工程技术领域，提供了一种利用新型填料从栀子中制备藏红花素标准品的制备方法，将从栀子中提取的藏红花素粗品配制成溶液，将藏红花素粗品溶液注入装有新型填料的动态轴向压缩柱中，采用所述新型填料为固定相，有机溶剂作为流动相，在动态轴向压缩柱中进行解析分离，得到藏红花素溶液，将藏红花素溶液浓缩去除有机溶剂，再将剩余溶液干燥得到藏红花素标准品。本发明通过在装有新型填料的动态轴向压缩柱对藏红花素粗品进行分离提纯，采用新型填料为固定相，乙醇、乙酸乙酯、正丁醇作为流动相，能加快分离速度，提高生产效率，降低流动相溶剂的使用量，节约成本且具有优异的分离提纯效果，获得纯度高达98.5％的藏红花素标准品。