本发明涉及一种果树微生物有机肥的制备方法，以沼渣、秸秆、药渣为原料制成的腐熟产物与菌液混合剂搅拌发酵制成。本有机肥营养元素齐全，能够改良土壤，改善土壤理化性状，增强土壤保水、保肥、供肥的能力。并能够提高产品品质，改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力，还能促进化肥的利用，提高化肥利用率。提高土壤孔隙度、通透交换性及植物成活率、增加有益菌和土壤微生物及种群。同时，在作物根系形成的优势有益菌群能抑制有害病原菌繁衍，增强作物抗逆抗病能力降低重茬作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。减少环境污染，对人、畜、环境安全、无毒，是一种环保型肥料。