本发明属于生物工程技术领域，提供了一种从发酵液中分离1,3‑丙二醇、乙酸和丁酸的方法。该方法为：发酵液经微滤、超滤得到发酵清液，除去几乎全部菌体和大部分杂蛋白；将发酵清液浓缩，除去部分水分；用酸将浓缩液调节至酸性，过滤除去沉淀物；采用疏水性有机溶剂萃取上清液中的乙酸和丁酸，碱或碱性无机盐溶液反萃取萃取液中的有机酸，萃余液进行精馏，回收1,3‑丙二醇。本方法操作简单、回收率高，解决了1,3‑丙二醇与副产物难以分离、成本高的问题，是一种很有工业应用前景的分离方法。