本发明公开了一株枯草芽孢基因工程菌及其在制备小分子透明质酸中的应用，属于生物工程技术领域。本发明将硫酸软骨素AC裂解酶进行异源表达，选取信号肽amyQ，采用自行构建的pHA03载体，通过乳糖或异丙基‑β‑D‑硫代半乳糖苷(IPTG)进行诱导，实现了硫酸软骨素AC裂解酶在枯草芽孢杆菌中的分泌表达，并通过设计的硫酸软骨素AC裂解酶‑酶膜反应器实现了小分子透明质酸的高效连续生产。本发明以食品级枯草芽孢杆菌作为宿主菌株，安全可靠，为工业化绿色生产小分子透明质酸提供了有效的参考与借鉴，同时节能减排，经济效益和社会效益显著。