本发明公开了一种一步法高效制备小分子硫酸软骨素和小分子透明质酸的方法，属于生物工程技术领域。本发明将来源于普通变形杆菌ProteusvulgarisATCC33420的硫酸软骨素ABC裂解酶进行异源表达，选取信号肽wapA，采用组成型木糖启动子Pxyl和pHY300PLK载体，通过木糖进行诱导，实现了硫酸软骨素ABC裂解酶在枯草芽孢杆菌中的分泌表达，并通过设计的硫酸软骨素裂解酶‑酶膜反应器实现了小分子硫酸软骨素和小分子透明质酸的高效连续生产。本发明以食品级枯草芽孢杆菌作为宿主菌株，安全可靠，为工业化绿色生产小分子硫酸软骨素和小分子透明质酸的提供了有效的参考与借鉴，同时节能减排，经济效益和社会效益显著。