本发明公开了一种城市公共交通客流信息的统计分析方法及系统，属于智能交通技术领域。所述系统包括预处理模块、分割模块、站点匹配模块和显示模块，预处理模块用于去除城市一卡通的刷卡数据中的无效数据，分割模块用于对城市一卡通的刷卡数据进行趟次分割和站点分割后，进而得到趟次刷卡数据和站点刷卡数据，站点匹配模块根据趟次刷卡数据和站点刷卡数据与实际物理站点进行匹配，进而确定实际物理站点的刷卡数据，显示模块将实际物理站点的刷卡数据与城市地图文件进行叠加，显示客流云图。本发明根据站点与线路空间位置关系，用来识别站点的特征，把刷卡数据对应到站点上，得到刷卡数据的空间位置，为城市交通规划提供了数据支持。