本发明公开了一种HLA测序峰图识别方法：(1)构建峰图识别模型：①收集已有的HLA下机峰图数据，②进行预处理，完成二进制ab1文件的信息提取，原始序列比对，序列分割以及错位修复工作；③特征提取；④收集大量人工已识别数据，利用随机森林算法训练数据，构建峰图识别模型；(2)利用峰图识别模型，对待测的HLA一代测序原始下机数据进行碱基识别；(3)整理识别好的碱基序列，将单链与双链部分序列重新组装；(4)输出识别结果。本发明的识别方法可准确获得峰图序列信息，整体准确率在99.5％以上，大大提高了HLA数据判读人员的工作效率。