本发明公开了一种赖氨酸脱羧酶菌株及其在戊二胺生产中的应用方法。本发明赖氨酸脱羧酶菌株是以通过基因工程方法将赖氨酸脱羧酶基因导入大肠杆菌后的重组生物工程菌为出发菌株，经过诱变筛选得到高酶活力赖氨酸脱羧酶菌株，保藏编号为：CGMCCNo.16762，和原始工程菌相比，其赖氨酸脱羧酶活力提升了3.93倍。本发明进一步公布了赖氨酸脱羧酶菌株在戊二胺生产中的应用，赖氨酸脱羧酶菌株经过发酵培养，获得含有赖氨酸脱羧酶的发酵液，按5%添加量加入赖氨酸盐酸盐和辅酶溶液中，40℃条件下，转化3h，戊二胺含量最高达到326.3g/L，赖氨酸盐酸摩尔转化率达到99.98%。