一种微生物介导的酒糟、秸秆、煤矸石全元生物有机肥生产工艺及系统，包括以下步骤：一、秸秆处理工艺：秸秆经过二次破碎备用；二、尾矿处理工艺：将酒糟通入空气，使乙醇产生乙酸，以及原有淀粉也反应产生乙酸，让尾矿经过酸化，分解或部分分解，三、造粒：1)将步骤二获得的酒糟和尾矿混合物通过螺旋输送机与步骤一获得的再次破碎后的秸秆同时输送进入混料发酵罐，3‑5天时翻料，翻料的同时向混合料中喷洒分解纤维素和尾矿的功能菌群；2)发酵腐熟5‑12天后，经过造粒后烘干获得成品。该工艺及系统能有获得肥力高的有机肥，且生产周期短。