本发明提供一种鸡呼肠孤病毒变异毒株，为肉鸡呼肠孤病毒BB18株，已于2019年2月20日保藏于中国武汉、武汉大学的中国典型培养物保藏中心，保藏编号为保藏编号为CCTCCNO:V201908。本发明的鸡呼肠孤病毒BB18株可用于制备疫苗。本发明通过对采集的病料进行病原分离获得了一株鸡呼肠孤病毒，经过全基因组序列测定与分析、病毒中和试验以及动物回归试验，确定所筛选的病毒为我国白羽肉鸡上流行的呼肠孤病毒的变异株，该变异株处于一个独立的新进化分支，可用于制备灭活疫苗，为我国养禽场对该病的综合防控提供基础。