本发明公开了一种酶及其编码基因和它们的应用以及制备绞股蓝皂苷的方法，属于生物工程技术领域。本发明酶为(a)或(b)：(a)由SEQIDNO：2所示的氨基酸序列组成的酶；(b)SEQIDNO：2所示的氨基酸序列衍生的酶且衍生酶的活性不变；或由在SEQIDNO：2所示的氨基酸序列的氨基末端和/或羧基末端连接有标签的氨基酸序列组成的酶；本发明提供了所述酶编码基因，含有该基因的重组载体、表达盒、转基因细胞系或重组菌，以及以该酶作为活性成分的组合物，及其在降解糖苷类化合物中的应用，并且提供了一种制备绞股蓝皂苷GypXVII、C‑O、C‑MX1、C‑MC1或F2的方法。