本发明公开了一种实现水中蓝藻快速分离和资源化的方法，其特征在于：将富含蓝藻的水送入贮水池，利用外置膜分离装置截滤水中蓝藻，膜分离装置采用错流过滤方式，膜管内流速控制在0.1‑5m/s；过滤出水送至清水池，蓝藻浓缩液循环至贮水池；通过蓝藻和水的循环分离，贮水池中蓝藻浓度可达10‑50g/L(叶绿素a含量)；将贮水池中浓缩的藻液送至厌氧池进行厌氧消化处理，产生的沼气回收利用；贮水池亦可作为厌氧消化池使用。本发明适用于治理含中低浓度蓝藻的地表水，具有蓝藻分离效果好、灵活性强、资源利用率高、运行成本低的优点。