本发明公开了一种生物碱溶解纳他霉素的生物溶剂及其应用，所述生物溶剂按照质量百分比计由生物碱溶液50～55％、冰乙酸1～3％、DL‑苹果酸0.5～1.5％、乳酸2～4％、饮用纯净水40～45％制成，其中：所述生物碱溶液按照质量百分比计由皂角荚粉25～35％、皂角树叶干粉10～20％、乙醇50～60％制成。上述生物溶剂可以用于溶解钠他霉素和烘焙食品。本发明的生物溶剂属复配食品酸度调节剂I型，采用《食品添加剂使用卫生标准》GB2760‑2014中的生物碱和冰乙酸、DL‑苯果酸、乳酸、饮用纯净水为原料多元合一，大大降低了生产成本，单纯用皂角叶和皂角荚提取生物碱成本十分昂贵，以复配的方式解决了成本高的问题。