本发明公开了一种从植物油脱臭馏出物中制备生物柴油、天然VE和植物甾醇的方法，包括如下步骤：1)生物酶法酯化，得到产物1；2)固定床连续酯化，得到产物2；管式反应器酯交换，得到产物3；4)冷析结晶：将产物3降温，冷却结晶，过滤分离后得到粗甾醇和滤液，粗甾醇重结晶得到精制植物甾醇；5)分子蒸馏：将步骤4)的滤液通过分子蒸馏后，分离得到脂肪酸甲酯和天然VE。本发明一次性使用固体或液体酶，成本低，酶酯化不需要反应彻底，只需要将酸价降到一定程度即可。将酶酯化后产物经装填强酸性树脂的固定床酯化，使酯化反应彻底，实现连续和自动化控制。进一步酯交换，提升脂肪酸甲酯的收率，有利于后续天然VE和植物甾醇的分离。