本发明提供一种新菌种根际盐芽孢杆菌（Bacillushalotolerans）SYW‑1CGMCCNo.15008及其在棉花黄萎病生物防治中的应用。本发明通过在棉花根际土壤中分离筛选出一株根际盐芽孢杆菌（Bacillushalotolerans）SYW‑1，分离出的菌种生长温度宽、易培养等特点，利用SYW‑1菌悬液浸泡棉花种子，可促进棉花种子出芽，SYW‑1菌悬液施用于多年连作重病棉花地，可有效地防治棉花生育期的棉花黄萎病的作用，将棉花黄萎病对棉花生产的不利影响降低到最低限度，有利于提高棉花的产量和品质，具有显著和稳定的技术效果，作为棉花黄萎病生物防治中具有广泛而适用的价值。