本发明公开了一种挤出仪清洗扰流板以及挤出仪清洗方法，涉及脂质体挤出仪清洗技术领域，包括有扰流板本体，扰流板本体的周侧壁与清洗内腔的周侧壁抵接，且扰流板本体与上板形成有与清洗液进口连通的进液间隙，扰流板本体与下板形成有与清洗液出口连通的清洗间隙；扰流板本体上开设形成有透水孔，且透水孔连通进液间隙和清洗间隙；扰流板本体朝向下板的底面上设置有导流槽限流凸台，且导流槽限流凸台嵌设于导流槽内。扰流板本体与挤出仪的清洗内腔相配合，同时结合清洗液清洗作业和压缩空气送风清洗作业，从而实现挤出仪的原位清洗，以代替脂质体挤出仪的离线清洗、灭菌操作，进而达到降低操作人员工作量以及脂质体挤出系统生产风险的目的。