本发明公开了一种新能源多层嵌套断面功率控制方法及系统，根据新能源送出断面的树状、多层嵌套和有功功率单向性的特点，在给定断面分层结构的条件下，采用广域分配新能源调节功率、深度优先搜索越限断面和发电能力转移的方法实现多层次断面调节功率的分配，根据电网的运行状态实时调节各个新能源场站的有功出力，使各个新能源断面功率维持在设定限值附近，不仅可以提升电网断面的利用率和电网运行经济性，而且可以减轻调度员的调控压力。