本发明提供了一种共轭二烯烃加氢制备氢化共聚物的方法，包括：a)将部分共轭二烯烃胶乳与荷维达‑格鲁布斯Ⅱ催化剂混合，得到混合物A；b)将剩余共轭二烯烃胶乳、所述混合物A及助剂混合，得到混合物B；所述助剂为油酸钾和/或油酸钠；c)向所述混合物B中通入氢气进行搅拌脱气处理，之后，继续搅拌处理，得到混合物C；d)对所述混合物C升温并提升氢气压力，进行氢化反应，得到氢化共聚物。本发明通过共轭二烯烃胶乳与荷维达‑格鲁布斯Ⅱ催化剂分批次加入的混料方式，引入特定助剂，以及预先采用氢气进行脱气处理并在脱气处理后进行搅拌的处理手段，能够在无溶剂条件下高效实现共轭二烯烃的选择性加氢反应，获得高氢化度产品。