本发明公开了一种水性自发光弹性涂料及其制备方法和应用，包括涂料组分和固化剂组分；涂料组分包括：以质量份计，改性油性弹性树脂10～20份、水性聚氨酯弹性树脂10～30份、乳化剂1～2份、基材润湿剂0.3～0.6份、水性蓄能材料30～40份、水性发光材料0.01～2份、分散剂1～3份、消光粉1～3份、助剂0.7～2份、水20～40份。本发明的水性自发光弹性涂料，其改性油性弹性树脂和水性聚氨酯弹性树脂为主要成膜树脂，与固化剂组分的分子发生反应，形成致密的网状结构，使其硬度、耐水煮、耐磨性显著提高，形成的漆膜弹性好，手感细腻滑爽，具有耐水煮、耐候性、耐磨性好等特点，其附着力为5B，硬度为H，发光强度高，吸光10min～20min后发光可达12h以上。