本发明提供了一种光子晶体光纤与单模光纤的精确对准方法，分时初步调节、精确调节光子晶体光纤与单模光纤端面的相对位置实现精确对准，首先光子晶体光纤的一端与第一单模光纤之间进行初步调节并固定，其次对光子晶体光纤的另一端与第二单模光纤之间进行精确调节固定，然后再精确调节光子晶体光纤与第一单模光纤之间的精确对准位置，最终实现了光子晶体光纤与单模光纤的精确对准，形成最佳光路，使用本方法对准后再进行熔接，可以减少接续损耗，并且可有针对性的判断问题所在位置，避免盲目查找问题浪费人力物力资源。