本发明提供了一种浅沟槽隔离结构及其制造方法，包括：首先，形成氮化掩膜层于一衬底上，并刻蚀所述氮化掩膜层和所述衬底，以形成沟槽；然后，填充隔离氧化层于所述沟槽中，所述隔离氧化层填满所述沟槽，并将所述氮化掩膜层掩埋在内；然后，向所述隔离氧化层进行离子注入，以使得所述沟槽中的隔离氧化层的部分高度区域均转化为第一阻挡层；最后，去除所述氮化掩膜层并去除所述第一阻挡层上方的隔离氧化层，以形成浅沟槽隔离结构。本发明提供的技术方案阻挡了氢氟酸等刻蚀剂对所述浅沟槽隔离结构的台阶的刻蚀，以对所述浅沟槽隔离结构的台阶高度进行准确地控制，进而提高器件的性能。