本发明提供一种多FPGA拓扑的互联检测与延时测量方法。所述方法包括：根据路由配置表配置所述多FPGA拓扑中的所有FPGA的I/O端口；所有FPGA通过配置的I/O端口并行发送固定序列至对应FPGA，并接收所述对应FPGA反馈的响应序列；各个FPGA根据接收到的所述响应序列记录自身与所述对应FPGA之间的端口延时信息和端口联通信息。本发明能够快速定位多FPGA拓扑之间的联通性错误，以及准确测量互联线的延时。