一种燃料电池系统（2），包括：至少一个燃料电池（4），其具有空气入口（36）和排气出口（44）；能够连接至空气入口（36）的空气供给设备（8）；以及能够连接至排气出口（44）的排气提取设备（10）。此外，水提取设备（6）具有至少两个干燥单元（14、16、18），其中，水提取设备（6）适于选择性地提供如下流体连接：通过至少两个干燥单元（14、16、18）中的一个干燥单元而从空气供给设备（8）至燃料电池（4）的空气入口（36）的流体连接，以及通过至少两个干燥单元（14、16、18）中的另一干燥单元而从排气提取设备（10）至排气出口（44）的流体连接。从而，进行不影响动态功率生成的最优干燥处理。