本申请公开了一种MEMS器件及其制造方法。该制造方法包括在第一衬底上形成牺牲层；在牺牲层上形成质量块；去除部分质量块形成第一凹槽；经由第一凹槽去除部分牺牲层形成到达第一衬底的表面的空腔；在质量块上形成第一键合区；形成保护膜，保护膜覆盖第一键合区、质量块与第一衬底的表面以及第一凹槽的侧壁；以及去除部分保护膜，其中，在去除保护膜的步骤中，位于第一凹槽的侧壁的保护膜、位于质量块与第一衬底相对的表面的保护膜以及位于第一衬底表面的保护膜因被质量块遮挡而被保留。该制造方法在去除保护膜的步骤中，清洁第一键合区上的保护膜，达到了提高封装质量的目的。